肛门痈肿的治疗以手术为主要原则，尤其是后期化脓严重的时候，手术引流是最直接的。而中医辩证论治肛门痈肿是湿热蕴结证应给予清热利湿解毒；热毒炽盛证应给予清热解毒透脓。阴虚毒恋证应给予养阴清热解毒。
证治分类有以下三种
(一)阴虚毒恋证
主证：肛门肿痛，日久不消，皮色暗红，成脓时间长，溃脓稀薄，疮口难敛；伴午后潮热，心烦口干；舌红、少苔、脉细数。
治法：养阴清热解毒。
方名：青蒿鳖甲汤合三妙丸加减。
常用药：青蒿、鳖甲、细生地、,知母、丹皮。
(二)湿热蕴结证
主证：肛门周围突然肿痛，逐渐加剧，肛周压痛或见红肿，伴恶寒发热，口干尿黄；舌红，苔黄腻，脉数。
治法：清热利湿解毒。
方名：萆薢渗湿汤合黄连解毒汤加减。
常用药：萆薢、薏苡仁、丹皮、黄柏、赤苓、泽泻、通草、滑石。
(三)热毒炽盛证
主证：肛门肿痛剧烈，持续数日，痛如鸡啄，难以入寐，肛周红肿热痛，按之有应指感，或穿刺时有脓液；恶寒，发热，口干，便秘，小便黄；舌质红，苔黄，脉弦滑。
治法：清热解毒透脓。
方名：透脓散加减。
常用药：黄芪、山甲、川芎、当归、皂角。
